Computational genomics
røttene til computational genomics deles med de av bioinformatikk. I løpet av 1960-tallet samlet Margaret Dayhoff og andre Ved National Biomedical Research Foundation databaser av homologe proteinsekvenser for evolusjonær studie. Deres forskning utviklet et fylogenetisk tre som bestemte de evolusjonære endringene som var nødvendige for at et bestemt protein skulle forandre seg til et annet protein basert på de underliggende aminosyresekvensene. Dette førte dem til å lage en scoringmatrise som vurderte sannsynligheten for at ett protein var relatert til et annet.
fra begynnelsen av 1980-tallet begynte databaser med genomsekvenser å bli registrert, men dette ga nye utfordringer i form av å søke og sammenligne databasene med geninformasjon. I motsetning til tekstsøkealgoritmer som brukes på nettsteder Som Google eller Wikipedia, søker man etter deler av genetisk likhet for å finne strenger som ikke bare er identiske, men like. Dette førte til utviklingen Av Needleman-Wunsch-algoritmen, som er en dynamisk programmeringsalgoritme for å sammenligne sett med aminosyresekvenser med hverandre ved å bruke scoringmatriser avledet Fra Dayhoffs tidligere forskning. SENERE BLE BLASTALGORITMEN utviklet for å utføre raske, optimaliserte søk i gensekvensdatabaser. BLAST og dets derivater er trolig de mest brukte algoritmer for dette formålet.
fremveksten av uttrykket “computational genomics” sammenfaller med tilgjengeligheten av komplette sekvenserte genomer i midten til slutten av 1990-tallet. DET første møtet I Den Årlige Konferansen Om Computational Genomics ble organisert av forskere Fra Institute For Genomic Research (TIGR) i 1998, og gir et forum for denne spesialitet og effektivt skille dette området av vitenskap fra de mer generelle felt Av Genomikk eller Beregningsbiologi. Den første bruken av dette begrepet i vitenskapelig litteratur, ifølge MEDLINE abstracts, var bare ett år tidligere I Nukleinsyreforskning. Den endelige Computational Genomics conference ble avholdt i 2006, med En hovedtale av Nobelprisvinner Barry Marshall, medoppdager av koblingen Mellom Helicobacter pylori og magesår. Fra og med 2014 inkluderer De ledende konferansene I feltet Intelligente Systemer for Molekylærbiologi (ISMB) og Forskning I Computational Molecular Biology (RECOMB).
utviklingen av datastøttet matematikk (ved hjelp av produkter som Mathematica eller Matlab) har hjulpet ingeniører, matematikere og datavitenskapere til å begynne å operere i dette domenet, og en offentlig samling av casestudier og demonstrasjoner vokser, alt fra hele genom sammenligninger til genuttrykk analyse. Dette har økt innføringen av ulike ideer, inkludert konsepter fra systemer og kontroll, informasjonsteori, strenger analyse og data mining. Det forventes at beregningsmessige tilnærminger vil bli og forbli et standardemne for forskning og undervisning, mens studentene flytende i begge emnene begynner å bli dannet i de flere kursene som er opprettet de siste årene.
